在长期的流亡过程中，朱允炆一直以晋公子重耳的故事鞭策自己。希望有东山再起的一天。但后来他慢慢地发现，朱 棣管理国家的能力比自己实在要强得多，也就慢慢地打消了这个念头。有联为证：“有梦难圆，尘世着魔迷木性；无风易醒，洞泉悟道静凡心。“轻风吹拂着平静的心，沉醉于大自然之中，哪还管什么皇权富贵，都是过眼云烟。
多年以后，朱允炆触景伤情，咏联一副：“家从京畿而来，回首五岳峨眉，此等山川甲天下；帝似尧舜以后，伉怀秦皇汉武，如我王孙旷古今。“这既是对湄江美丽风光的衷心赞美，也是对自己一生坎坷命运的高度概括，更是对无奈现实的宣泄、壮志难酬的遗憾的真实写照。
下落之谜
“史书“说
“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中“。（在燕兵攻陷京师后，朱允炆）“遂阖宫自已焚燃。上望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及，中使出其尸于火中，还白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！“朱棣登位后在给朝鲜国王的诏书上亦曰：“不期建文为权奸逼胁，阖宫自己焚燃“（《明实录·太宗实录》）。
“棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之。“
“上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫。因指烬中后骨以为上！“。“出家为僧“说
（一）湖南新田大观堡说湖南永州新田县发现明代遗址大观堡，该古城堡工程规模宏大，建筑面积7000平方米，石头垒成的堡垒周长346米，城墙残高4米左右，疑为建文帝避难行宫。后经部分文物和史学专家多方求证，认为建文帝极有可能避难新田，中国明史学会会长商传认为“建文帝踪迹永州（新田）说出来最晚，但材料最硬”，““在全国多处出现的建文帝‘下落说’中，有的是传说，有的只有族谱，而只有新田县有相关碑刻”, “使建文帝研究向前推进了一大步”，“成为关于建文下落的一种很重要的说法”.
该说主要的证据有（不完全统计）：
1、龙池寺遗址碑刻记载“夫山曰安昙寺曰龙池”、“自大明皇朝先师铁峯悟真流亡”、“剃本靖为僧‘燕师’”等；梅木塘碑刻记载“圣帝之寿诞，为同人之嘉节，首士齐集虔诚致祭……誓词惟皇上御极之年岁次月日等谨以……二帝神位前曰，惟二帝职司阴鉴”等。
2、大观堡遗址
3、其他文物：象牙朝笏；道教神仙人物长卷画；
4、《史氏族谱》记载
（二）东明寺说
万历《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像“。（《杭县志稿》卷八）“相传朱允炆遁迹至此，时旭日始旦，题曰东明。自归国后，方知为帝。今范其遗像。有手植牡丹，色白如银“。明代嘉靖年间《留青日札摘抄》、清代康熙年间《湖堧杂记》中也都有记载。
据2010年12月7日，余杭县史志办张炳林先生从上海图书馆发现《东明寺志》，翻开第一页，上面写着“东明寺志叙“五个大字。《东明寺志》（三卷）清释湛潜篡，清康熙十二年（1674年）版本。寺志中是如此记载：“迨壬午金川变作，启箧得杨应能度牒及披剃具，佛知运数巳定，乃僧服出逊，由吴兴至钱塘遁栖东明山，亲灸旵祖座下，凡六载，迹渐彰乃辞去。“由此可见，朱允炆到东明寺出家为僧不是空穴来风，是确有其人其事。当年众僧们皆尊称朱允炆为“应能问道老佛“，寺志中还特地将“应能问道老佛“排列在祖师堂的第二位置，仅次于东明禅寺的开法祖师慧旵，明白无疑确定了东明禅寺与朱允炆之间的密切。其中还披露了二个重要信息：所谓“静室“一是当年东明寺开法禅师慧旵禅师的闭关之处，二是朱允炆在东明禅寺出家为僧的居所，这是初闻。
东明寺大雄宝殿内右侧有朱允炆塑像，殿柱上刻有如下对联：僧为帝，帝亦为僧，一再传，衣钵相授，留偈而化；叔负侄，侄不负叔，三百载，江山依旧，到老皆空。
朱允炆亲手植之桂花，经过日寇焚烧，仅剩树干。但大难不死，第二年又绽新枝，现枝高叶茂，秋季花开，香溢四野，且金银双色各半，传为奇谈佳话。孟将殿，原有座小庙现已毁，不知是否属实？民间称之“骂将殿“。 相传明成祖派一位朱允炆当朝时的武状元出身将军追杀朱允炆。追至东明山，朱允炆痛斥其助纣为虐。他进退两难：逊帝有恩，今上难违。回京又无颜复命，终而自杀。因该将军姓孟，后人建孟将军庙以资纪念。“自焚而死“说
据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，朱允炆继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役“。不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，朱允炆求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。朱允炆眼看大势已去，下令焚宫，顿时火光熊熊，朱允炆携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查朱允炆下落。宫内侍人都说朱允炆已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝“。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说。
“遁入道门“说
据有学者考证，朱允炆晚年化名詹碧云，隐踪在江西上饶玉山三清山任三清宫住持道士，在三清福地借修建道教宫观为掩护，巧妙修筑了“明治山詹碧云藏竹之所“的陵墓和其他相关石雕、楹联、三清山石刻260余处，留下了“风流建水翁承赞，樽酒论文千载同“、“方豪上“、“都俞脱生“、“壶市安井“等一系列可供考研的石刻隐逸文化密码。
此外，在《明史·姚广孝传》和《胡濙传》里记载：明成祖朱棣当了皇帝后，对朱允炆自焚而死，也产生过怀疑，也有人告诉他那具烧焦的尸体是马皇后的，朱允炆削发为僧外逃了。他就把朱允炆的主录僧溥洽抓了起来关进监狱长达十余年，逼他供出朱允炆下落。并派郑和下西洋“欲寻踪迹“，派户科都给事中胡濙遍行郡、乡、邑长达16年，搜寻朱允炆下落，一直到朱棣死前一年的一个晚上，他已睡下了，但听说胡濙回来了，急忙穿上衣服，在卧室单独召见。胡濙访得朱允炆离开紫禁宫后，削发为僧，既没有去神乐观，也没有去西南、东南周游避难，而是被僧司溥洽所救，一直藏在江苏吴县普洛寺内，此后一心为僧，无复国之意。近年徐作生也通过查阅大量文献和实地考察后，指出：永乐二十一年（1423年），朱允炆死于江苏吴县穹窿山，终年46岁，葬于皇驾庵后的小山坡上。
也有人指出，朱允炆自焚身亡是历史真实，因为当时燕军兵临城下，把紫禁宫团团围住，朱允炆想逃也来不及了，更何况经考查也无鬼门、御沟逃路。朱允炆也深知他的四叔是个贪权无厌、残暴无情的武夫，落在他手里决无好下场，不如以死了之为上策。燕王朱棣也绝不会让朱允炆活下去，否则，他就不能当皇帝。朱棣为了不留下“杀侄夺位“之臭名，苦心寻找朱允炆下落，留下了历史疑案。
综上，朱棣在即位后，下令搜寻朱允炆，这是历史事实。朱允炆的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。
有的学者认为，朱允炆并没有死，而是走了后门，到了山中去做了和尚，红崖天书就是他写下的。明太祖，朱元璋驱逐蒙元，恢复中华，开创了在中国历史上最伟大的皇朝，大明王朝。而朱元璋这个人无疑和汉高祖刘邦为了皇朝的国祚延续不断，都犯了一个相同的错误，就是没有确立中央政府绝对权威，没有形成一个强大的政统环境。
首先刘邦这人把分封制度和郡县制度一起保留，使得后来七个诸侯国，公然对抗朝廷，演变成七国之乱，和七国之乱对应的还有西晋的八王之乱，与现代的北洋之乱，军阀割据。朱元璋绞劲脑汁，杀光开国功臣，想出了让藩王们保卫皇帝，却忘记了这些藩王不敢反他，但是敢反他孙子。
朱允文削藩在一定程度上，方法是欠妥的，但是不削藩，迟早会让历史重演。
反正最后，朱棣这个图谋不轨的野心家，借着清君侧的名义，把朱允炆赶下了台，自己当上了皇帝。朱棣这个人是很无耻的，朱允炆消失不见，朱允炆大儿子朱文奎消失，只留下了儿子朱文圭。按照清君侧的正常逻辑，既然皇帝死了，应由朱文圭上位了，然而万万没想到，朱棣不仅把朱允炆的兄弟们，给废了，还把在吃奶的朱文圭关在了凤阳五十年。
最后和他有同样命运的，明英宗重新夺取皇帝位置后，除了废除殉葬制度，还把和有同样命运的朱文圭给放了，大臣们除了称他是尧舜之举动，也有大臣担心他会夺取皇位，但是明英宗只说了句“有天命者，任自为之。
可是被关了五十年的朱文圭，出来时候牛马已经分不清，虽然留下了后代，但是没过几年就死去了。而他后代的人直到南明才被追封为王。
朱文圭无疑成为朱棣为争夺皇位过程中的政治牺牲品。
